Esta fiscalía tiene como objetivos primordiales la investigación y enjuiciamiento de las personas que forman parte de grupos delictivos organizados y/o grupos estructurados, que se asocian para cometer delitos generalmente graves y de connotaciones nacionales e internacionales, tales como los de lavado de activos, narcotráfico en todas sus manifestaciones, secuestro, extorsión, tráfico de armas, financiamiento al terrorismo, terrorismo, tráfico de personas, hurto telefónico o de telecomunicaciones, robo de vehículos y robo a instituciones del sistema financiero cometidos por un grupo delictivo organizado.

Igualmente tendrán competencia para el conocimiento del proceso especial de privación definitiva del dominio de bienes de origen ilícito.

La FESCCO, se guía por los principios y valores generales que rigen la función fiscal y se determinan en el Reglamento Especial de la Dirección de Fiscalías, debiendo observar en todos los procedimientos administrativos, investigativos y judiciales las normas especiales y generales determinadas tanto por nuestra legislación interna, como por las normas convencionales externas ratificadas por Honduras en materia de lucha contra la criminalidad organizada.