La Fiscalía Especial de Protección a la Niñez y Adolescencia, FEP-NIÑEZ, tiene como objetivos la dirección técnica y jurídica, de las actividades a desarrollar por los entes de investigación de la institución y el Estado, que sirvan para la investigación de todos los hechos delictivos donde se encuentre involucrado un niño, bien en su condición de víctima o como infractor de la ley penal, realizando las acciones pertinentes para reducir los efectos del delito en los niños.

Además, ejercerá el ejercicio fundado de la acción penal pública ante los juzgados y Tribunales de la República, contra aquellos adultos que cometan delito en perjuicio de niños; la interposición de acusaciones ante los juzgados de la niñez o el que haga sus veces, cuando los niños hayan infringido leyes penales; e intervenir en procesos penales y materia de niñez, cuando sea necesario, procurando la restitución de derechos conculcados a los niños.

Además de los principios y valores generales que rigen la función fiscal y que se determinan en el Reglamento Especial de la Dirección de Fiscalías, deberá observar en todos los procedimientos administrativos, investigativos y judiciales los siguientes principios que rigen en materia de niñez: Interés superior del niño, no discriminación, protección integral, confidencialidad y la no revictimización.